約1,000万年前は現在より海面が低く、日本列島は大陸と陸続きになっており、台湾から続く海岸線を形成していたと考えられています。

約150万年前、日本列島と大陸は分断され 、生物の南下や北上が極めて困難になりました。この海峡は屋久島から南にあり現在トカラ海峡になっていると考えられています。

その後の約100万年前から活発な地殻変動が起こり、南西諸島はいくつかのブロックに分断され、隆起と沈降を繰り返しました。
さらに氷河期の終わりに伴う海面の上昇により、現在の琉球弧と呼ばれる島々が形成されたのではないかと考えられています。

トカラ海峡より南に生息するトゲネズミやケナガネズミなどは徳之島よりさらに南のインドネシアとの関係が深く、ニホンザルやムササビなどはこの海峡を南限としています。
このため、この地方は九州・本州の動物相と異なるとともに沖縄本島とも異なる固有の種および亜種が多数生息・生育することとなり、「東洋のガラパゴス」といわれる特色のある地域になっています。

（参考資料　九州農政局より）